Según las Directrices del IPCC de 2006, las estimaciones de incertidumbre son parte esencial de un inventario de GEI. El análisis de la incertidumbre se debe considerar un medio para priorizar los esfuerzos nacionales destinados a aumentar la precisión y exactitud de los inventarios futuros y para guiar las decisiones sobre la elección metodológica.

Para el análisis de la incertidumbre del INGEI de Chile, el Equipo Técnico Coordinador compiló las incertidumbres de factores de emisión, datos de actividad y otros parámetros de estimación de cada ISGEI y desarrolló un análisis usando el Método 1: Propagación del error de las Directrices del IPCC de 2006, que estima la incertidumbre en las categorías individuales en todo el inventario y en las tendencias entre un año de interés y el año de base. Cabe destacar que la incertidumbre de cada categoría individual se pondera por las emisiones o absorciones de esa categoría para conocer el aporte a la incertidumbre combinada total.

De acuerdo con este análisis el balance de emisiones y absorciones de GEI del país para 2020 presenta una incertidumbre combinada de -41,1 % y +44,9 %. En términos generales, los sectores que más aportan a la incertidumbre (contribución a la varianza), son el sector UTCUTS, seguido del sector Residuos, el sector Energía, luego el sector Agricultura y por último el sector IPPU.